Six, một cô bé chín tuổi mặc áo mưa màu vàng, cô tỉnh dậy sau khi có giấc mơ về một người phụ nữ mặc kimono và đeo mặt nạ Noh. Cô chỉ mang trong mình một chiếc bật lửa, cô men theo bên trong con tàu the Maw, một con tàu ngầm lớn dưới nước được thiết kế cho những cư dân lớn hơn cô nhiều lần. Trong suốt quãng thời gian tại the Maw, cô gặp một số Nomes: những sinh vật nhỏ bé, lém lỉnh chạy trốn khỏi cô, đôi lúc chúng sẽ quan sát những nỗ lực của cô một cách thụ động. Cô ấy có thể ôm Nomes nếu như cô ấy đến gần họ. Khi đi qua the Prison (nhà tù), nơi giam giữ những đứa trẻ bị bắt, Six trốn khỏi những con đỉa ăn thịt cố bám theo cô, cô cũng phải tránh những đôi mắt nhân tạo nếu không nó sẽ biến cô thành đá khi cô bị lọt vào ánh đèn của chúng. Six cũng thường trải qua những cơn đói khủng khiếp; khi nào cô ấy ăn, một phiên bản bóng tối, chập chờn của chính cô ấy sẽ xuất hiện. Sau khi ăn một ít bánh mì do một đứa trẻ bị cầm tù đưa cho, Six bị the Janitor (người gác cổng) có cánh tay dài, mù bắt được khi ông dụ cô vào một cái lồng cùng với một miếng thịt. Cô trốn thoát được nhưng lại không giúp đỡ những đứa trẻ bị bắt khác. Cô rơi vào một căn phòng chất đầy giày và trốn tránh con quái vật tàng hình đang di chuyển bên dưới. The Janitor đuổi theo Six và dồn cô vào chân tường nhưng cô đã kéo chiếc lồng sắt ra khiến cánh cửa rơi xuống và chặt đứt cánh tay của ông bằng.

Six lại có một cơn đói khác, cô buộc phải ăn một con chuột còn sống. Six đi đến nhà bếp, nơi những đứa trẻ được gói trong bọc giấy đang được gửi đi. Tại đây, the Twin Chefs (đầu bếp sinh đôi) đang chuẩn bị một bữa tiệc lớn, họ bắt gặp Six và truy đuổi cô bất cứ khi nào họ phát hiện ra cô. Cô ấy đi ra bên ngoài thân tàu the Maw. Six mở cửa, bám lên dây xích và trèo lên trên, Six cũng chứng kiến ​​những the Guest (vị khách) béo phì đang tiến vào the Maw từ một con tàu đã chở họ đến. Họ ở lại trong Guest Area (khu vực dành cho khách) được trang trí theo phong cách Nhật Bản, nơi họ tự thưởng thức đồ ăn. Bữa tiệc được giám sát bởi the Lady, người đã xuất hiện trong giấc mơ của Six, một người phụ nữ đeo mặt nạ và là chủ nhân của the Maw. Một số the Guest phát hiện ra Six và đuổi theo cô nhưng Six đã vượt qua họ. Six lại lên cơn đói khác, cô gặp Nome và nó đưa cho cô ấy một cái xúc xích. Tuy nhiên, Six lại chọn ăn Nome thay vì ăn cái xúc xích.

Six đi theo lẻn vào khu của the Lady, một nơi rãi đầy những mảnh gương bị vỡ. Bị truy đuổi bởi the Lady, Six tìm thấy một chiếc gương còn nguyên vẹn, cô sử dụng nó để đẩy lùi the Lady khi the Lady đang cố gắng phục kích cô từ trong bóng tối. Việc nhìn thấy hình ảnh phản chiếu của chính mình khiến the Lady đau đớn và cuối cùng Six đã đánh bại được the Lady. The Lady ngã xuống sàn, suy yếu dần và không còn khả năng tự vệ, đột nhiên Six lại trải qua một cơn đói. Six cắn cổ của the Lady, giết chết cô ta và hấp thụ sức mạnh của the Lady. Six đi bộ trở lại qua Guest Area, một số vị khách cố gắng ăn thịt cô ấy nhưng sinh lực của họ ngay lập tức bị rút cạn. Six bước qua một cánh cửa, đi lên một cầu thang và ra bên ngoài, trong khi tất cả các Nome đều đang tụ tập ở ngưỡng cửa đang mở.

Trong một cảnh post-credit, Six đứng tại lối vào của the Maw, sương mù bao quanh lấy cô, khung cảnh mờ dần và tựa game kết thúc.

Cốt truyện DLC

Secrets of the Maw

A trio of DLC levels that offer a "different perspective on Six’s adventures" was planned. The first one was released in July 2017,[3] the second in November 2017, and the last in February 2018.[4][5]

The Depths

A young boy, known as the Runaway Kid, wakes up from a nightmare involving him swimming in darkness before being dragged underwater. After leaving the Nursery, he follows a girl who is also fleeing, but she disappears, leaving only her flashlight behind, which the Runaway Kid takes.

The Runaway Kid finds himself in the Depths of the Maw, which are heavily flooded, and he has to avoid Leeches and make his way across by hopping on floating platforms. The Depths turn out to be the home of the Granny, who swims underwater and attempts to grab the Runaway Kid either by bumping and destroying the platforms he stands on or snatching him if he is in the water for too long. After pushing a plugged television set into the water to electrocute and kill the Granny, the Runaway Kid leaves the Depths but is caught by the Janitor. The final scene shows the Runaway Kid in a cage next to other trapped children, including Six. The Janitor pulls the Runaway Kid's cage away, paralleling Six's story just before she wakes up in her cage.

The Hideaway

The Runaway Kid escapes from the paper he is wrapped in, which is ascending on a hook towards the Kitchen, and he falls to a new level of the Maw. He finds an engine room where the Nomes are brought to throw coal in the furnace. After evading the Janitor and finding various Nomes, the Runaway Kid uses them to power up the furnace. The bucket elevator in the engine room becomes fully functional and lifts the Runaway Kid up to a furnace room where the Nomes are gathered, their shadows cast by the furnace's light resembling children. After leaving through a crack in the wall, the Runaway Kid finds himself on top of a rising elevator in which the Lady is standing.

The Residence

After leaving the elevator, the Runaway Kid enters the Lady's Residence. After solving a series of puzzles to find three missing statues while fighting off the Shadow Children, he finds the Lady looking at herself in a mirror, her unmasked face in the reflection revealed to be gruesome and deformed. The Lady is alerted to the Runaway Kid's presence and transforms him into a Nome. He then finds his way into the Guest Area and the room with the sausage in Six's story. The chapter ends with the Runaway Kid standing by the sausage, indicating that he is the Nome whom Six eats. When the credits for Secrets of the Maw roll, they are eventually shown to be on a television set, which shows a figure reminiscent of the Thin Man.